生命科学

复旦大学上海医学院


需求分析

2016年,复旦大学上海医学院购置了FEI 300KV冷冻电镜,随 后计划建设一套数据存储和计算分析系统以满足未来几年的需求。 用户需要解决以下问题:

  1. 确认能否用GPU代替CPU处理冷冻电镜数据。
  2. 确认GPU加速比,合理购置存储和计算设备。

解决方案

  1. 承蓝科技与Relion作者取得联系,获得最新版本授权,并为用户提供了详细的测试报告,给出了Relion每一步的加速比, 总结了Relion软件的性能调优经验,向全国用户分享了行业唯一的测试报告。
  2. 协助用户建立了包含GPU和CPU集群、冷热数据分离的冷冻电镜数据云平台。

价值分析

  1. 为全行业提供了第一份GPU测试报告,详细分析了Relion的GPU加速比。
  2. 用户发表多篇Science文章,并在2021年发表了Science封面文章。




中国科学院上海生命科学研究院


中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(iBrain大数据平台,www.ibrainproject.org)

中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(简称“脑智中心”)主要依托中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所,参与单位有中国科学院生物物理研究所、昆明动物研究所、自动化研究所、武汉物理与数学研究所、深圳先进技术研究院和中国科技大学。聚焦脑科学的重要前沿方向,力争在脑科学前沿研究和技术发展方面取得国际领先的成果,尽早建成国际一流的脑科学研究中心。

承蓝为脑智中心建设一个具备计算中心和数据共享平台功能的iBrain脑图谱大数据平台。整合脑智中心已有子平台硬件资源,实现平台资源、用户的集中管理及各子平台间的数据互访;分步骤升级网络环境和存储资源,逐步解决数据传输、集中存储、在线式分析、规模化计算等问题,最终满足各课题组科研需求;定义多数据中心平台用户统一认证管理逻辑,建立标准数据库模型以及设计与其他数据平台间标准通信协议,推广形成示范效应。

iBrain大数据平台实现脑智中心全国各单位用户的接入实现数据传输、存储、管理、检索、共享、计算和展示。这一平台的建立将消除神经科学、医疗卫生、神经模拟计算等应用需求在数据搜索和读取方面的障碍,通过3D、虚拟化等数据展示手段弱化对专业知识的依赖,降低交流的门槛,实现数据的充分利用。并且平台兼具数据分享和高性能计算能力分享的双重功能,提供数据到应用的一体化解决方案,能极大的减少神经科学领域数据平台的重复建设。

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